审计学专业于2008年12月获批准开设审计学本科专业(海关稽查方向),于2009年夏季首届招生, 审计学专业于2012年和2013年分别通过上海市教委组织的新专业检查和学位授予专业审核评估，取得学位授予资格。并于2013年和2019年通过了上海市教委本科专业达标评估。审计学专业培养专业基本理论和知识，具有分析和解决会计、审计问题的职业技能、特别是掌握一定海关业务知识和稽查技能，学生毕业后能国家机关、企业事业单位从事会计、审计工作，特别是能在中介机构辅助海关稽查业务中发挥重要作用的审计专门人才。
审计学专业近几年加快建设步伐，专业教师主持完成国家级科研1项，其研究成果获2018年“上海市哲学社会科学优秀成果奖（著作类）二等奖”；主持完成上海市重点教学教改项目1项，在研1项；建成市级、院级精品课程和重点课程5门；主编出版海关特色教材6部，获得上海市优秀教材2等奖1项；出版著作2部；审计教研室曾获上海市教育系统“三八红旗集体”等荣誉；专业拥有校级教学名师1人，专业教师团队获得“校级教学成果奖”1等奖、2等奖；教师指导学科竞赛或“优秀指导教师”等称号和奖励，为审计学学科专业发展和提升人才培养质量打下坚实的基础。
审计学专业学生积极参加全国大学生英语竞赛3等奖和优秀奖各1项；全国大学生数学建模三等奖5项；参加国家级、市级、校级创新创业项目以及“用友杯”、“金蝶杯”、“网中网”等全国大学生专业学科竞赛，并多项获奖。并有多人获得国家奖学金、国家励志奖学金、上海市优秀团支部、上海市优秀毕业生、学院优秀毕业生、学院各级各类奖项等。2016-2018届学生毕业学生112名，就业率达98.21%。